亚克诺姆因为阿玄坚毅的意志信念而出现，让米可利突然打消了强制手段的心思，放过了阿玄。 阿玄独自上路，遇神殿族人，继而决定前往神和镇。 途中，阿玄发现世界反物质侵袭，感知到洁咪的气息。当初洁咪族长身死，七只小洁咪出世寻找葛拉西蒂亚花，其中一只走散，发生了剧场版《骑拉帝纳与冰空的花束洁咪》的故事。阿玄和小智一起帮助洁咪，七只洁咪重聚，并找到了葛拉西蒂亚花。 分别，途中，阿玄经历奇遇，获得蜥蜴王Mega石。 终于来到米季纳，阿玄见到了冰之神子暴雪。神殿一族是世上唯一能与创世神阿尔宙斯有关联的古老世家，阿玄欲找到一些线索，毕竟组织名字叫“创世之光”。 紧接着剧场版剧情《阿尔宙斯超克的时空》，小智等人穿越时空，化解阿尔...

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